Dalam menjalankan kegiatan pendidikan maupun dalam hal rekruitmen kerja, Akademi Farmasi Nasional Surakarta menjalin  kerjasama dari instansi pemerintah, industri farmasi, apotek, rumah sakit, puskesmas, PBF dll yang beberapa diantaranya yaitu:
Instansi pemerintah
• Dinas Kesehatan Kota Surakarta
• Balai Besar Kesehatan Paru
• Badan Narkotika Provinsi Jateng
• Badan Narkotika Kota Surakarta

Rumah Sakit
• RS Muhammadiyah Wonogiri
• RS Brayat Minulya
• RS Kasih Ibu
• RS Islam Klaten
• RS Slamet Riyadi
• RS Panti Waluyo
• RS Puri Husada
• RS Orthopedi
• RSUD Karanganyar
• RSUD Surakarta
• RSUD Sragen
• RSUD Sukoharjo,

Industri Farmasi
• PT Kimia Farma Distribution
• PT Deltomed
• PT IFARS
• PT Graha Farma
• PT Pharos
• PT Ferron Par Pharmaceutical
• PT Konimex
• PT Nufarindo
• PT Kimia Farma
• PT Sidomuncul
• PT Bernofarm

Lain-lain
• Melawai Group
• Century
• berbagai apotek di Surakarta dan sekitarnya.